جامعه را نيز دربرمىگرفت و براى انديشه و عقايد در عرصه كلام و معارف اسلامى ، جريان‌ساز بود . از پيامدهاى آن ، ايجاد سرگردانى و ترديد در مردم نسبت به آموزه‌ها و انديشه‌هاى دينى بود . آشفتگىهاى فكرى و تكثر جريان‌هاى فقهى و كلامى نيز زاييده همين ترديد و يأس حاكم در حوزه انديشه بود . افزون بر اين ، جريان‌هاى سياسى متعدد ديگرى كه خود را به دين و انديشه دينى و سيره پيامبر صلى الله عليه و آله و اهل‌بيت او مستند مىكردند ( همانند كيسانيه و زيديه ) و وقوع قيام‌هاى متعدد نيز بر اين آشفتگى و ترديدها افزوده بود . در چنين شرايطى امام باقر عليه السلام آن‌چنان مرجعيت علمى يافت كه حتى اهل‌سنت ضمن پذيرفتن او به عنوان رهبرى فرهيخته و انديشمندى دينى ، از او تأثير پذيرفتند . بنيان نهضتى علمى بر پايه انديشه و آموزه‌هاى دينى و تكميل نهضت فكرى امام سجاد عليه السلام در چنين اوضاعى سبب گشت انديشه و فرهنگ اسلامى هويت مستقل خويش را حفظ كند و از استقلال آن در اثر مواجهه با انديشه‌هاى شبهه‌آلود و سطحى و نيز جعليات و بدعت‌ها پاسدارى نمايد . البته اين امر نيازمند تلاش در عرصه‌هاى مختلف بود كه امام عليه السلام در عرصه ايجابى و سلبى با تمام توان آن را به انجام رساند . الف ) فعاليتهاى امام عليه السلام در عرصه ايجابى ورود فعال به عرصه علمى و فرهنگى با تأسيس مدرسه فقه ، حديث و كلام و تربيت صدها نخبه و فرهيخته در جهان اسلام ، تكميل پايه‌هاى هويت شيعى كه امام سجاد عليه السلام آن را بنا نهاده بود و همچنين احيا و تبيين سيره و سنت پيامبر صلى الله عليه و آله از جمله فعاليت‌هاى امام باقر عليه السلام بود كه در احياى تفكر و بالندگى انديشه و فرهنگ اسلامى نقشى اساسى داشت . پيشگيرى روش اعتدال ، هم در عرصه تبيين و ارائه انديشه اسلامى و هم در عرصه عمل و تعامل با مذاهب و حكومت ، از ديگر عواملى بود كه باعث احياى سنت و سيره پيامبر خدا صلى الله عليه و آله شد . در شرايطى كه گروه‌هاى تندرو از مسلك‌هاى متعدد و جنبش‌هاى سياسى ، از جريان‌هاى متنوع مذهبى و فرهنگى منشعب مىشد ، امام عليه السلام با ژرف‌انديشى و هوشمندى روشى را برگزيد كه ماندگارى اسلام ، انديشه و تفكر شيعى را تضمين كرد . از مهم‌ترين آثار و خدمات برجاىمانده از نقش فعال امام عليه السلام در اين عرصه ، هزاران حديث در علوم فقه ، كلام و اعتقادات ، تاريخ ، تفسير ، اخلاق و علوم عقلى است كه امروز بخش بزرگى از ذخاير غنى علوم و معارف اسلامى شيعه را تشكيل مىدهد كه از پايه‌گذاران مسلّم آن امام‌باقر عليه السلام